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WB 實驗常見問題及問題排除

更新時間:2025-01-06      點擊次數:528
WB 實驗結果有黑點
原因解決方案
封閉液未溶解a. 確認奶粉溶解。出現黑點最常發生的原因是奶粉沒有溶解,建議加入攪拌子,增加攪拌時間,或是溶解后離心取上清液使用。
b. 利用0.45 um的濾紙過濾溶液,以除去未溶解的牛奶顆粒及其他雜質。
c. 改變封閉液的種類,如換為BSA。
溶液污染a. 使用新鮮配制的溶液 (跑膠、轉膜、封閉、洗脫等緩沖液)或商業化溶液,以減少因長菌長霉造成的黑點。
b. 確認一抗溶液是否保存不當,可嘗試重新配置一抗溶液。
封閉液及抗體交互作用一般脫脂牛奶中含有casein這種磷酸蛋白,可能會與磷酸化抗體產生非特異性結合,因此,如使用磷酸化抗體,建議用BSA作為封閉溶液,同時洗脫溶液也用TBST,如此可降低黑點或高背景值狀況。
注:a. TBST是以Tris為基底,PBST是以磷酸鹽為基底的緩沖液,一般根據習慣選擇使用TBST或PBST。但如果是操作磷酸化抗體或最終顯色分析是用AP系統時,因為PBST中的磷酸根會干擾,可能會造成高背景值或無信號,此時建議使用TBST緩沖液。另外,同一次實驗中請使用一種緩沖液,不可封閉液用PBST,洗脫液用TBST。
b. 封閉時一般使用3-5%封閉溶液,依實驗特性不同,可做微調;牛奶與BSA的選擇也是相同,掌握原則后,再依實驗特性做微調,就能快速上手。
WB實驗結果信號過曝
原因解決方案
蛋白樣品過量降低蛋白上樣量。通常蛋白上樣量為30-50 ug,但有些蛋白的表達量較高(如beta actin),此時可依蛋白表現量,調整上樣量。
抗體過量a. 提高抗體稀釋倍數。產生過曝時可提高一抗、二抗的稀釋倍數。
b. 減少孵育時間
c. 于4℃孵育
信號過曝a. 縮短曝光時間。過曝時可縮短曝光時間,減少過曝的情形。
b. 使用低靈敏度的化學發光底物。過曝現象也有可能是因為化學發光底物過強導致的, 可選用靈敏度較低的化學發光底物來改善。
注:化學發光底物一般有三種等級,femto(飛克, 10-15g), pico(皮克, 10-12g), 及plus(低皮克級, 10-12~ 10-9g),可依蛋白表達量挑選適合的化學發光底物。
WB實驗結果拖帶
原因解決方案
樣本不純,有雜質污染a. 重新離心樣品后取上清液使用
b. 使用較純的試劑配置細胞裂解液或購買商業化產品
c. 使用Benzonase®核酸酶。Benzonase®核酸酶能迅速水解核酸,降低蛋白樣品粘度,減少核酸對跑膠的干擾
d. 全細胞或亞細胞萃取。使用商業化全細胞或亞細胞萃取試劑盒提取蛋白樣品,減少配制試劑溶液以及操作中分離不干凈的問題。
蛋白樣品過量a. 降低蛋白上樣量。通常蛋白上樣量為30-50ug,但有些蛋白表達量較高(如beta actin),此時可依蛋白表達量,進行微調。
b. 延長加熱時間。蛋白變性不, 也會使條帶成團拖尾,此時可通過延長樣品加熱時間(一般約5分鐘)及調整SDS(一般是2 %)比例, 使蛋白變性更。
信號過曝a. 縮短曝光時間。過曝時可縮短曝光時間, 減少過曝的情形。
b. 使用低靈敏的化學發光底物。過曝現象可能是因為化學發光底物過強導致的, 可選用靈敏度較低的化學發光底物來改善。
WB條帶扭曲
原因解決方案
膠沒配置好a. 確保APS & TEMED 正常, 并新鮮配置膠體。
APS為起始劑,主要負責提供自由基供膠體進行聚合反應, APS粉末容易受潮,建議置于防潮箱保存,如果發生結塊,建議重新購買。TEMED為催化劑,如果保存不當或過期,也會影響膠體聚合,建議分裝。
b. 小心移除齒梳,避免造成加樣壁孔歪斜
c. 配完下層膠后,需用水或醇類將膠體壓平
d. 膠里面有雜質/氣泡。可預先用0.45 um濾紙過濾膠體溶液,混合膠體溶液時,應避免產生氣泡。
電流電壓問題a. 避免用高電壓電泳使膠體過熱。 150V,過熱有霧氣,80-100V,上膠帶短、下層不勻。
b. 空的孔道加樣品緩沖液,使每個孔洞都有樣品且鹽類成分相近。
c. 避免孔洞中有雜質,用高純度等級的化學藥品或用商業化試劑提取蛋白樣品,或在上樣前用跑膠緩沖溶液沖洗加樣孔。
轉膜問題a. 膠體應與膜密合,轉膜時小心滾壓膠體,使膠體與膜貼合緊實
b. 轉膜時小心勿晃動。有時出現 2個條帶是因為轉膜時發生晃動,產生疊影
條帶呈啞鈴狀
出現啞鈴最大的可能是膠沒有配置好,膠凝固后不均一,拔完梳子之后,某些孔道凸起不平整,可以試著注意膠體是否凝固(確認試劑沒問題),拔梳子時注意不要讓孔道歪掉,loading前也可以再用running buffer沖洗孔道,另外還有一種可能是樣品中含有太多雜質,沒有離心下來,或沒有溶解,然后雜質沉積在孔的中間,蛋白因此被推擠到兩邊。
條帶呈啞鈴狀原因:出現啞鈴狀最可能是膠沒有配制好,膠凝固后不均,拔完齒梳之后,某些孔道凸起不平整,另一種可能是樣品中含有過多雜質,沒有離心下來,或沒有溶解,導致雜質沉積在孔的中間,蛋白因此被推擠到兩邊。
解決方案:確認膠體是否凝固,拔齒梳時注意不要讓孔道歪斜,上樣前可再用跑膠緩沖液沖洗孔道。
WB背景值較高
原因解決方案
封閉不足a. 提高封閉液濃度,確保封閉液覆蓋轉印膜,如使用5% 脫脂奶粉或BSA。
b. 增加封閉時間,一般情況會使用37℃封閉1小時,可視情況調整封閉的條件。
c. 使用BSA作為封閉液,同時搭配使用TBST的洗脫液來降低高背景值的狀況。
抗體問題a. 抗體濃度太高。建議降低抗體濃度,并增加洗滌次數和時間。
b. 一抗孵育溫度過高,建議4℃孵育過夜。
c. 二抗的非特異性背景,可增加二抗對照,以陽性對照組確認二抗。
d. 洗脫不足,增加洗脫液體積和洗滌次數。
顯色問題化學發光底物過多,建議調整化學發光底物,按說明書加入適量的顯色底物。也可依據蛋白表達量的不同,選擇合適的化學放光底物。
膜的問題a. 挑選合適的NC或PVDF膜。依據靶標蛋白、想要呈現的實驗結果及膜的特性,選擇出適合實驗的材料。
b. 建議實驗過程中都必須注意讓膜保持濕潤,特別是PVDF膜。
c. 在使用PVDF膜時可能會出現浸潤不均勻的情況,從而導致背景值比較高的情況。因此,建議使用PVDF膜前使用100% methanol浸潤膜。
WB條帶非專一性
原因解決方案
蛋白質降解a. 蛋白質抑制劑或磷酸酶抑制劑
b. 冰上操作
c. 避免反復凍融
蛋白質形成多聚糖a. 使用現配的DTT/2-ME,并將加熱時間延長
b. 確認樣本煮沸時的溫度達到95-100℃
確認蛋白質特性查詢生物信息確認蛋白是否存在后修飾、剪切體等。
抗體濃度過高或蛋白樣品過量a. 調整蛋白上樣量為30-50 ug或減少上樣量
b. 增加抗體稀釋倍數
抗體非專一性結合a. 增加洗膜次數與除垢劑強度
b. 設對照組確認抗體專一性
c. 詢問抗體公司技術支持
抗體認到輕重鏈的信號a. 換不同宿主來源的一抗
b. 使用EasyBlot二抗
目標信號微弱
原因解決方案
蛋白問題a. 了解靶標蛋白的特性
? 是否存在特異性? 可提取特定細胞器增加蛋白濃度,例:抽取核蛋白、膜蛋白、胞質蛋白。
? 是否存在組織特異性? 有些目標蛋白只會在特定組織表達,這可降低樣本挑選的錯誤率。
? 是否有后修飾作用? 目標蛋白后修飾分子量會變大,使抗體認到的位置比估算分子量高。
? 確認靶標蛋白在細胞株的表達量以及是否需加藥誘導蛋白表達。
b. 增加蛋白質上樣量。一般蛋白上樣量為20-30μg/孔, 如文獻已表明靶標蛋白表達量低或是使用極少的上樣量(例如< 10μg),需增加上樣量來協助抗體偵測其信號。
c. 減少蛋白降解。
? 細胞萃取時要加蛋白質抑制劑或磷酸酶抑制劑,避免蛋白降解。
? 在冰上操作蛋白質實驗。
? 避免反復凍融樣品(建議分裝)。
? 新鮮制備新一批的樣本。
抗體問題a. 調整抗體孵育條件。
? 增加抗體量,例如原本使用1:1000稀釋,調整為1:500稀釋。
? 增加孵育時間:將原37℃孵育1小時改成4℃孵育過夜。
b. 一抗二抗不相容。檢查二抗與一抗種屬是否有正確配對,要訣:“鼠配鼠兔配兔,isotype相配不出錯"。
c. 過度洗脫。減少洗脫次數與時間:一般洗脫三次, 每次5-10分鐘即可。
轉膜問題a. 檢查轉膜方向。轉膜方向錯誤會讓蛋白往反方向移動散逸在轉膜緩沖液里,方向正確才能讓蛋白粘附咋轉印模的孔洞里。
b. 根據分子量調整轉膜條件。大分子蛋白轉膜條件可調整為低溫過夜(濕式轉膜),小分子蛋白改用0.2 um的轉印膜,縮短轉膜時間。
封閉過度a. 降低封閉液濃度:一般使用3-5%的牛奶或BSA做封閉液即可。
b. 降低封閉時間:一般封閉時間為30-60分鐘。
c. 換封閉液,可使用商業化封閉液(GTX30963)可協助避免這個問題的發生。
化學發光底物失活或敏感度不夠a. 使用現配的化學發光底物
b. 使用高敏感度的化學發光底物,例如使用飛克(GTX14698)等級的化學發光底物。
c. 增加曝光時間


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